jQueryとprototype.jsを共存させるには

jQueryのnoConflict()を使う。

すると、$はprototype用になり、
jQueryは$の代わりに「jQuery」という宣言を利用できるようになる。

jQuery.noConflict() [jquery/prototype.js]|Ajax入門|Ajaxの基礎と応用の学習|StudyNet
jQueryとprototype.jsを同時に使うには ｜ btmup Blog